Sieć ekologiczna Natura 2000 jest systemem ochrony wybranych elementów przyrody przyjętym przez kraje Unii Europejskiej. Sieć  ta ma uzupełniać systemy krajowe oraz dawać merytorycznie podstawy do zachowania dziedzictwa przyrodniczego w skali kontynentu. Celem utworzenia ekologicznej sieci jest ochrona różnorodności biologicznej na terytorium krajów członkowskich Unii Europejskiej.
Program Natura 2000 opiera się na dwóch formach ochrony:
- Obszar Specjalnej Ochrony (OSO) – wyznaczone w celu ochrony lęgowej ptaków (na podstawie tzw. Dyrektywy Ptasiej),
- Specjalne Obszary Ochrony (SOO) – wyznaczone w celu ochrony siedlisk (na podstawie tzw. Dyrektywy Siedliskowej).
Na terenie Nadleśnictwa Przysucha wyznaczono dwa obszary w ramach sieci Natura 2000 –Dolina Pilicy oraz Dolina Dolnej Pilicy.
Dolina Pilicy jest obszarem Natura 2000 powołanym na podstawie Dyrektywy Ptasiej. Obszar ten obejmuje swoim zasięgiem dolinę Pilicy o szerokości od 1 do 5 km. Rzeka na tym odcinku przyjmuje charakter meandrujący, tworząc liczne wysepki oraz starorzecza. Charakter rzeki oraz terenów przyległych jest bardzo zróżnicowany, co sprzyja dobrym warunkom do gniazdowania blisko 56 gatunków ptaków związanych z siedliskami wodnymi i błotnymi.
Dolina Dolnej Pilicy jest obszarem Natura 200 powołanym na podstawie Dyrektywy Siedliskowej. Swoim zasięgiem pokrywa się zasadniczo z OSO Dolina Pilicy. Wyznaczony został w celu ochrony cennych siedlisk przyrodniczych. Na tym obszarze zostało wyznaczonych 10 siedlisk przyrodniczych, w tym 4 leśne.
Poza wyżej opisanymi obszarami Natura 2000 do Komisji Europejskiej w 2009 roku zgłoszono jeszcze dwa obszary leżące na terenie Nadleśnictwa Przysucha w ramach realizacji Dyrektywy Siedliskowej Dolina Czarnej oraz Ostoja Brzeźnicka. Dolina Czarnej jest obszarem, na którym stwierdzono występowanie 16 siedliska przyrodniczych, w tym 6 leśnych.